一、建立完善的内部审计制度

税务代办服务机构在处理税务部门的检查和审计时，首先需要建立完善的内部审计制度。这包括确立内部审计部门或审计团队，明确审计的责任和权限，制定审计程序和标准，以及建立审计报告和反馈机制。

内部审计制度的建立有助于确保税务代办服务机构的内部管理和运营符合法律法规和税务部门的要求，减少违规行为和税务风险的发生。同时，内部审计也可以发现和纠正内部管理和运营中存在的问题和不足，提升机构的整体运营效率和管理水平。

此外，税务代办服务机构还可以通过委托独立的第三方机构进行外部审计，以进一步提升审计的客观性和公正性，确保审计结果的可信度和可靠性。

二、建立健全的档案管理制度

税务代办服务机构在处理税务部门的检查和审计时，需要建立健全的档案管理制度。这包括建立完善的档案管理制度和档案管理流程，确保所有与税务代办服务相关的文件和资料都能够及时、准确、完整地记录、归档和保存。

档案管理制度的建立有助于税务代办服务机构对自身的业务活动和经营管理进行全面、系统的记录和跟踪，提供审计过程中所需的相关证据和资料，以应对税务部门的检查和审计。

此外，建立健全的档案管理制度还可以帮助税务代办服务机构更好地进行内部管理和运营监督，及时发现和纠正存在的问题和不足，提升机构的整体管理水平和业务运营效率。

三、加强内部控制体系建设

税务代办服务机构在处理税务部门的检查和审计时，需要加强内部控制体系建设。这包括建立健全的内部控制制度和内部控制程序，强化对机构内部各项业务活动和经营管理的监督和管理。

内部控制体系的建设有助于确保税务代办服务机构的业务活动和经营管理符合法律法规和税务部门的要求，减少违规行为和税务风险的发生。同时，内部控制也可以提升机构对内部管理和运营的有效性和效率，降低机构面临的各类风险和不确定性。

税务代办服务机构可以借鉴国际上通用的内部控制框架，如COSO内部控制框架，建立适合自身业务特点和经营环境的内部控制体系，以提升机构的整体管理水平和业务运营效率。

四、加强员工培训和教育

税务代办服务机构在处理税务部门的检查和审计时，需要加强员工培训和教育。这包括对员工进行税法、税务政策、业务流程等方面的培训，提升员工的税务业务水平和专业素养。

员工培训和教育的加强有助于提升税务代办服务机构的整体业务水平和服务质量，增强机构对税务法律法规和政策的理解和遵从能力，降低机构面临的各类税务风险和合规风险。

此外，税务代办服务机构还可以建立健全的员工考核和激励机制，激励员工不断提升自身的税务业务水平和专业素养，提升机构的整体竞争力和市场影响力。

综上所述，税务代办服务机构在处理税务部门的检查和审计时，需要建立完善的内部审计制度、健全的档案管理制度、加强内部控制体系建设和加强员工培训和教育等方面的工作。这些举措有助于提升税务代办服务机构的整体管理水平和业务运营效率，确保机构的合规经营和可持续发展。